1、腸胃炎：腸胃炎多發于溫度變化較大的季節，墨西哥地鼠龜的食欲會明顯下降，體重減輕，龜便松散或呈果凍狀。
治療方法：輕度腸胃炎，可以采取停食、加溫的方法，讓墨西哥地鼠龜排空體內毒素，自行恢復。嚴重的墨西哥地鼠龜，需要口服甲硝唑、替甲硝唑等藥，同時補充多元維生素和乳酸菌素片。
2、腐甲：腐甲病對于墨西哥地鼠龜來說是一種最常見的疾病。
治療方法：輕度的腐甲，可以通過加強光照、改善水質來讓墨西哥地鼠龜自愈。較為嚴重的腐甲，需要人工清除所有松動腐爛的死甲，然后用雙氧水清洗消毒，再涂上高錳酸鉀粉。如果已經到了嚴重腐爛、散發臭味的程度，需要注射抗生配合治療。
