海馬是會分公和母的，分辨的方法也是比較簡單的，從大小上就能看出差異，還有明顯的不一樣，只要仔細的觀察就能看出來。
雄性海馬有突出的育籽囊，從腹部開始，一只延伸到尾巴開始的部位，而雌性海馬沒有。
雄海馬的尾部腹面有一育兒囊(位于肛門后端)，該囊是當第一次生殖來臨時，由尾部腹面左右伸出的皮招接合而成，只留未端小孔。雌魚的泄殖腔未端在產卵期中也多少膨大，形成生殖乳突。此外，雄海馬的個體一般比雌魚稍大些。棲息和運動海馬因其擬態適應特性，習性也較特殊，喜棲于藻叢或海韭菜繁生的潮下帶海區。性甚懶惰，常以卷曲的尾部纏附于海藻的莖枝之上，有時也倒掛于漂浮著的海藻或其它物體上，隨波逐流。
分辨海馬的公母并不難，但是要更加深入的了解它們才行。
