瓦哈卡泥龜在野外，會獵食水中任何小于自己的動物，如魚、蝦、等，甚至是其它的龜，中間亦會食一些水生植物或掉下的水果。雖不常見，但獵食同類的情況曾有發現。人工飼養瓦哈卡泥龜可以喂吃新鮮的動物餌料，如雜魚、小蝦、螺蚌、蚯蚓、肉等等。
瓦哈卡泥龜對于食物的選擇沒有特別嚴格，通常來說更喜歡吃一些肉類的食物。另外瓦哈卡泥龜小龜在冬眠后，最易出現的狀況有“冬眠后厭食癥”、脫水、眼睛無法睜開、四肢無力、口腔發炎、呼吸系統出毛病、皮膚病、因缺乏維他命而虛弱、感冒等。根據各方面的研究，瓦哈卡泥龜冬眠結束后，逐日把溫度及濕度，慢慢提高，接著讓小瓦哈卡泥龜先進食水分、糖分較多的新鮮蔬果，如蕃茄、香蕉、提子等，之后投喂身型較小的昆蟲或魚，甚至可以把新鮮的肝臟喂飼。正常來說，該會在1至2周后恢復正常進食。
