雖然洪都拉斯木紋龜的智力不能與人類相比,但龜類也有大腦兩半球,而且其大腦兩半球的外側還有一層大腦皮層。這使得爬行動物具有一定的分析能力,經過訓練能辨別環境方向,能記住吃飯的時間。洪都拉斯木紋龜的小腦并不發達,因此我們常常看到洪都拉斯木紋龜行動能力與學習能力都是比較緩慢的。不過洪都拉斯木紋龜是認識主人的。
讓洪都拉斯木紋龜認識主人認識主人,生活中要多點耐心去照顧它,和它多點互動,親自用手喂它食物,與它玩耍,常去撫摸它的殼和頭部,通過這些日常護理,產生的本能反應。隨著飼養的時間增加,洪都拉斯木紋龜認識主人會對自己的主人有信任感。