餅干龜雌雄出生之后并不會很明顯，只有體重達到一定重量后，才可以開始鑒別雌雄，而且越小的餅干龜鑒別起來越不準確，想要知道餅干龜的雌雄，也不能過于著急。餅干龜孵化時的溫度決定餅干龜的性別，所以人工繁殖時，可以根據這個特性，去控制餅干龜的性別。
一般來說，同年份的成年雌餅干龜體形普遍大于雄餅干龜，多數雄餅干龜腹甲有輕微凹陷，而雌餅干龜則腹甲平坦無凹陷，多數雌餅干龜腹甲前端為平圓形，而多數雄餅干龜會呈V形缺口。
還有一種方法是將餅干龜的尾巴拉直，泄殖孔位置超過尾盾邊緣，則雄餅干龜的成分居高。此外，雄餅干龜都比較活潑好動，雌餅干龜則較沉穩。
