成年的綠樹蟒體長平均約有90至120厘米，最高紀錄為213厘米。它們的上唇鱗片的位置，有一雙具備耐熱功能的凹槽。它身體的顏色是鮮明的綠色，沿著脊柱位置有一條藍色條紋，周身零星分布白色或黃色的鱗片。也有部分產地的綠樹蟒背部中央只有黃、白色鱗片組成的線條。
幼體綠樹蟒主要有淡黃、鮮紅和磚紅幾種顏色。淡黃的個體背部有黑色為主的條紋，夾雜白斑；鮮紅和磚紅的個體背部條紋為白色為主，夾雜黑斑。同一窩孵化的綠樹蟒幼體，可能同時出現各種顏色。幼體綠樹蟒一般在出生后幾個月至幾年間，變換為成體的綠色調為主體色。個別產地的綠樹蟒，成體后仍然會保持淡黃色的體色。
