灰藍扁尾海蛇已列入世界自然保護聯盟（IUCN）2010年《瀕危物種紅色名錄》ver 3.1——無危（LC）。已列入中國國家林業局2000年08月01日發布實施的《國家保護的有益的或者有重要經濟、科學研究價值的陸生野生動物名錄》。
灰藍扁尾海蛇生活在溫暖的熱帶氣候影響下的海域和沿海水域 ，也包括珊瑚島、珊瑚礁、紅樹林等。常出現在小島岸邊的小裂縫或巖石下以及0至10米深度的淺水域。灰藍扁尾海蛇分布廣泛，數量趨勢穩定。盡管存在棲息地破壞，沿海地區工業污染以及過度捕撈等威脅，但這些威脅并未導致種群數量顯著下降，因此被世界自然保護聯盟列為無危。
