接種了疫苗而沒有起到保護作用而得了已經預防的傳染病，就叫免疫失敗。大多數情況下這不是疫苗的問題，而是發生了不適當的免疫反應。下面列舉了幾種常見的免疫失敗的原因。
1、母源抗體問題
新生的幼犬或者幼貓通過胎盤或者初乳從母體獲得抗體而得到保護。何時開始接種疫苗呢？這與母源抗體的水平有關。母源抗體在體內循環的時間在不同個體內、不同的抗體是不同的。每個個體都有一個易感期，時間長短不一，從幾天到幾周，這期間母源抗體的水平高到不能使疫苗發揮作用，卻又低到不足與抵抗傳染病。這期間即使接種了疫苗，仍然會得傳染病。不同窩甚至同窩不同個體之間的易感期也都不一樣。
研究表明，對細小病毒而言，幼犬在6周齡時只有25%的免疫有效，9周齡時40%有效，16周齡時60%有效，18周齡時95%的有效。
2、接種疫苗與接觸傳染病間隔太短
疫苗并不是一接種就會立即刺激機體產生抗體，這需要幾天到幾周的時間才能產生有效的抗體，例如冠狀病毒在第二次疫苗注射后2-3星期才能產生有效的保護。另外如果在接種疫苗前已經接觸了傳染病而處于潛伏期，注射疫苗也不會起到保護作用。
3、病毒或細菌株不同
如果病毒或者細菌株發生了變異，那么疫苗接種也會失敗。例如，近來臨床上發現細小病毒的變異株，結果常規的細小病毒接種失敗。
4、疫苗損壞
由于不適當的保存或運輸，弱毒疫苗可能會失活從而發生免疫失敗。
5、疫苗使用不當
接種途徑沒有按疫苗的要求進行，比如皮下注射、肌肉注射或滴鼻等。還有一定要按劑量注射。犬用疫苗都是按頭份，不是按體重、年齡等。
6、免疫程序不當
注射間隔太短，疫苗間會發生干擾現象，如果間隔太長，效果會降低，通常間隔2-3周（狂犬病除外）。
7、品種不同
不同的品種對傳染病的敏感程度與反應也不一樣，對比較敏感的品種可能需要調整免疫程序。
8、免疫缺陷
如果機體的免疫系統有缺陷，不能對疫苗產生正常的免疫反應，也會失敗。
9、患病期間
發熱可以抑制機體對犬瘟熱病毒dd的免疫反應，某些病毒的感染也會降低機體對疫苗的免疫反應。
10、營養不良
營養不良如維生素A或E缺乏也會抑制機體的正常蛋白合成，從而降低免疫反應。
綜上所述，這就是為什么有如此多的疫苗接種程序，為什么這么多的免疫接種失敗，一句話，沒有一種疫苗可以對接種的動物達到100%的保護。
